নৌ-পরিবহন মন্ত্রণালয়ের আওতাধীন বাংলাদেশ স্থলবন্দর কর্তৃপক্ষের সরাসরি নিয়ন্ত্রণে নাকুগাঁও স্থলবন্দরের কার্যক্রম পরিচালতি হয়। জাতীয় রাজস্ব বোর্ডের আওতায় নাকুগাঁও স্থল শুল্ক স্টেশনের কার্যক্রম চালু রয়েছে।

ভারত থেকে আমদানিকৃত পণ্য গ্রহণ, সংরক্ষণ, কাস্টমস কর্তৃক রাজস্ব আদায়ের ক্ষেত্রে প্রয়োজনীয় অবকাঠামোগত সুবিধা ও সেবা প্রদানের লক্ষে সরকার কর্তৃক নাকুগাঁও স্থলবন্দর ঘোষণা করা হয়।

প্রাথমিকভাবে একটি উন্নয়ন প্রকল্পের আওতায় বন্দরের ১৩.৪৬ একর জমি অধিগ্রহণপূর্বক প্রয়োজনীয় অবকাঠামো নির্মিত। ২০১৫ সালের ১৮ জুন নাকুগাঁও স্থলবন্দরের অপারেশনাল কার্যক্রম উদ্বোধন করা হয়।

স্থলবন্দরটি দিয়ে বৈধ সকল পণ্য আমদামী করার অনুমতি রয়েছে।